2020年12月18日，《中共北京市委宣传部、中共北京市委教育工作委员会关于印发第二批北京市重点建设马克思主义学院的通知》（京宣发〔2020〕47号）公布，北京中医药大学马克思主义学院成功入选第二批北京市重点建设马克思主义学院。
2020年9月，第二批北京市重点建设马克思主义学院申报和评审工作正式启动。学校党委高度重视，第一时间组织材料申报等相关工作。2020年12月10日，北京市重点建设马克思主义学院专家组一行来我校实地考察。校党委书记、马克思主义学院院长谷晓红作了“奏响新时代思政育人最强音，全力推进马克思主义学院建设”的专题汇报。
市委教育工委常务副书记郑吉春对学校高度重视马克思主义学院建设给予了充分肯定。他指出，一流的大学必须要有一流的马克思主义学院。他希望北京中医药大学马克思主义学院能通过参加北京市重点建设马克思主义学院评审，以评促建，多出教育教学与研究成果，不断提升思政课教育实效。
马克思主义学院将以成功入选为契机，对标北京市委宣传部、教育工委的要求，制定具体方案，采取有效措施，在思想政治理论课教育教学、科学研究和马克思主义理论学科建设等方面进一步努力，不断提高人才培养质量，不断巩固马克思主义在意识形态领域的指导地位。